分子生物學研究
1 核酸定量分析。 對傳染性疾病進行定量定性分析，病原微生物或病毒含量的檢測 , 比如近期流行的甲型 H1N1 流感， 轉基因動植物基因拷貝數的檢測， RNAi 基因失活率的檢測等。
2 基因表達差異分析。 比較經過不同處理樣本之間特定基因的表達差異 ( 如藥物處理、物理處理、化學處理等 ) ，特定基因在不同時相的表達差異以及 cDNA 芯片或差顯結果的確證
3 SNP 檢測。檢測單核苷酸多態(tài)性對于研究個體對不同疾病的易感性或者個體對特定藥物的不同反應有著重要的意義，因分子信標結構的巧妙性，一旦 SNP 的序列信息是已知的，采用這種技術進行高通量的 SNP 檢測將會變得簡單而準確。
4 甲基化檢測。甲基化同人類的許多疾病有關，特別是癌癥， Laird 報道了一種稱作 Methylight 的技術，在擴增之前先處理 DNA ，使得未甲基化的胞嘧啶變成尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不受影響，用特異性的引物和 Taqman 探針來區(qū)分甲基化和非甲基化的 DNA ，這種方法不僅方便而且靈敏度更高。
醫(yī)學研究
5 產前診斷：人們對遺傳性物質改變引起的遺傳性疾病還無法治療，到目前為止，還只能只能通過產前監(jiān)測，減少病嬰出生，以防止各類遺傳性疾病的發(fā)生，如為減少 X 連鎖遺傳病患兒的出生，從孕婦的外周血中分離胎兒 DNA ，用實時熒光定量 PCR 檢測其 Y 性別決定區(qū)基因是一種無創(chuàng)傷性的方法，易為孕婦所接受。
6 病原體檢測：采用熒光定量 PCR 檢測技術可以對淋球菌、沙眼衣原體、解脲支原體、人類乳頭瘤病毒、單純皰疹病毒、人類免疫缺陷病毒、肝炎病毒、流感病毒、結核分枝桿菌、 EB 病毒和巨細胞病毒等病原體進行定量測定。與傳統的檢測方法相比具有靈敏度高、取樣少、快速簡便等優(yōu)點。
7 藥物療效考核：對乙型肝炎病毒 (HBV) 、丙型肝炎病毒 (HCV) 定量分析顯示：病毒量與某些藥物的療效關系。 HCV 高水平表達，干擾素治療作用不敏感，而 HCV 低滴度，干擾素作用敏感；在拉米夫定治療過程中， HBV- DNA 的血清含量曾有下降，隨后若再度上升或超出以前水平，則提示病毒發(fā)生變異。
8 腫瘤基因檢測：盡管腫瘤發(fā)病的機理尚未清楚，但相關基因發(fā)生突變是致癌性轉變的根本原因已被廣泛接受。癌基因的表達增加和突變，在許多腫瘤早期就可以出現。實時熒光定量 PCR 不但能有效地檢測到基因的突變，而且可以準確檢測癌基因的表達量。目前用此方法進行過端粒酶 hTERT 基因、慢性粒細胞性白血病 WT1 基因、腫瘤 ER 基因、前列腺癌 PSM 基因、腫瘤相關的病毒基因等多種基因的表達檢測。
